¡Orden, orden! 
HighEntomologist escribió:los permanentes anexables (léase Auras y Equipos) pierden su condición de tal si se convierten en algo no anexable (como una Criatura), verdad?
Te olvidas de las Fortificaciones 

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En realidad, ser anexable no es vocabulario de reglas. Está la keyword action (¿acción clave?) "Anexar" (701.3). Luego hay reglas que dicen a qué cosas se pueden anexar Auras (303.4), Equipos (301.5) y Fortificaciones (301.6); que si un efecto intenta anexar éstas a algo que no puedan, no se mueven (701.3b y otras); y hay dos Acciones Basadas en Estado (SBAs) que hacen que se caigan (desanexen) si, aún así, llega a ocurrir (704.5n y 704.5p).
Será un matiz, pero las Comprehensive Rules son 186 páginas de matices.
Hay otra ABE que hace que se desanexen criaturas que estén anexadas (704.5q), y eso sí responde a tu pregunta. Ese 
Bonehoard se desanexa la próxima vez que un jugador fuese a recibir prioridad, sí.
Todos los objetos (habilidad en la pila, carda, copia de carta, token, hechizo, permanente o emblema) tienen timestamp (marca de tiempo creo que es la traducción usada en Cranial Insertion), por si alguna regla necesita usarlo para ordenar. Por ejemplo y hablando de anexar, cuando un Aura, Equipo o Fortificación se anexa, se le resetea el timestamp (701.3c, 613.6d). Está todo descrito en la pequeña sección 613.6.
Las Capas sirven para arbitrar cualquier interacción entre Efectos Contínuos que no sean de Reemplazo ni Prevención. Lo último que se usa en esto para resolver empates es siempre el timestamp, el menos reciente se aplica primero, el más reciente, el último. Pero no es lo único que se usa, para eso hay un 
Cranial Insertion especial sobre capas.
Como se ha dicho, en el caso de dos efectos contínuos modificando el total de mano (
Recycle vs. 
Reliquary Tower), se ordenan por timestamp. Este tipo de efectos contínuos que modifican reglas no van en las 7 capas, pero se aplican los últimos (613.10). La octava capa, digamos.
Las reglas de Dependencia están en la sección 613.7 y están también explicadas en ese 
Cranial Insertion especial.
Planar Void vs. 
Wheel of Sun and Moon es totalmente distinto. 
Planar Void no tiene una Habilidad Estática que pueda generar un Efecto Contínuo; tiene una Habilidad Disparada. 
Wheel of Sun and Moon sí, pero genera un Efecto de Reemplazo. 
Wheel of Sun and Moon nunca choca con 
Planar Void: reemplaza el que una carta vaya al cementerio y 
Planar Void nunca dispara (su evento de disparo nunca ocurre).
Tanto en 
Contamination vs. 
Pulse of Llanowar como en 
Progenitus vs. 
Leyline of the Void ya sí hay dos Efectos de Reemplazo que "chocan". La interacción de efectos de Reemplazo (y de Prevención) no se resuelve a este nivel usando las Capas, sino lo que habéis mencionado de "el controlador del objeto afectado decide" (616).
HighEntomologist escribió:Pulse of Llanowar vs 
Heartbeat of Spring. Cada cosa reemplaza sacar maná por una cosa diferente: el Pulse por maná de cualquier color, y el Heart por dos manás iguales. Qué pasa en esta situación?
 
Aunque 
Heartbeat of Spring podría implementarse así, no es lo que pone. 
Heartbeat of Spring tiene una Habilidad Disparada cuyo evento de disparo es la activación de una Habilidad de Maná, ergo es también una Habilidad de Maná (605.1b). No interactúa con 
Pulse of Llanowar, que ya sabemos que genera un Efecto de Reemplazo. Simplemente, lo que el Pulso haga que cada tierra genere, el Heartbeat generará también.
La organización de las habilidades, efectos y sus reglas de "arbitraje" es tal que así:
- Habilidades de Hechizo (112.3a). Pueden generar Efectos de un Sólo Uso (One-Shot Effects, 610).
 
- Habilidades Activadas (112.3b). Pueden generar Efectos de un Sólo Uso. Algunas pueden ser Habiliades de Maná (605).
 
- Habilidades Disparadas (112.3c). Pueden generar Efectos de un Sólo Uso. Algunas pueden ser Habiliades de Maná. Si más de una está esperando a entrar en pila, entran en orden JAJNA (APNAP en inglés, 603.3b).
 
- Habilidades Estáticas (112.3d). Las únicas que pueden generar Efectos Contínuos además de los de un Sólo Uso.
 
Organización y arbitraje de Efectos Contínuos:
- Efecto de Reemplazo (614). El controlador del objeto afectado decide, 616.
 
- Efecto de Prevención (615). Mismas reglas que los de Reemplazo.
 
- Otros Efectos Contínuos (611). Reglas de Capas, 613.
 
Que algunas de esas reglas sean similares no significa que sean las mismas. Podrían cambiar sin que cambien las otras.
EDIT: 
Contamination y 
Pulse of Llanowar tienen efectos de reemplazo obv.